just stumbled over the same problem and it seems a recent antivirus update is to blame.
it first blocks perl.exe
and sh.exe
and then finally deletes them from the harddrive.
the messages are as follows (i only have a german version):
13.04.2010 08:37:42 C:\PROGRAMME\GIT\BIN\PERL.EXE Der Prozess versucht, in einen anderen Prozess einzudringen. Dieses Verhalten ist charakteristisch für bestimmte Schadprogramme (Invader)
13.04.2010 08:37:42 C:\PROGRAMME\GIT\BIN\PERL.EXE Aktion "Das Verschieben nach Quarantäne" wurde gewählt
13.04.2010 08:37:42 C:\PROGRAMME\GIT\BIN\PERL.EXE Die ursprüngliche Datei wurde gelöscht.
…
13.04.2010 08:47:38 C:\PROGRAMME\GIT\BIN\SH.EXE Der Prozess versucht, in einen anderen Prozess einzudringen. Dieses Verhalten ist charakteristisch für bestimmte Schadprogramme (Invader)
13.04.2010 08:47:38 C:\PROGRAMME\GIT\BIN\SH.EXE Datei wurde nach Quarantäne verschoben.
13.04.2010 08:47:38 C:\PROGRAMME\GIT\BIN\SH.EXE Der Prozesse wurde zwangsläufig beendet.